Le conseil d’administration du CLD de Manicouagan est composé de personnes issues des différents milieux de la collectivité, soient les secteurs municipal, des affaires et social. Un représentant du Centre local d’emploi de Baie-Comeau, le directeur du CLD et le député provincial de la circonscription de René-Levasseur sont également membres du conseil d’administration, sans toutefois y avoir droit de vote.